Trước khi trạm kiểm nghiệm Dược phẩm Vĩnh Phú được thành lập, bộ phận kiểm nghiệm dược phẩm nằm trong phòng Dược chính của Ty Y tế Vĩnh Phú.

          Tháng 3/1968: Ủy ban hành chính tỉnh Vĩnh Phú ra quyết định thành lập Trạm kiểm nghiệm Dược phẩm Vĩnh Phú - là đơn vị trực thuộc Ty Y tế Vĩnh Phú. Dược sĩ Bùi Xuân Chương phụ trách, ban đầu có 7 cán bộ: 1 DSĐH, 3 DSTH, 2 Dược tá và 1 công nhân. Thời kỳ này trạm sơ tán và tập kết tại xã Phương Khoan - Huyện Lập Thạch rồi chuyển về Phú Hộ thuộc huyện Phù Ninh, sau đó chuyển về Thị xã Phú Thọ.

          Ngày 07/7/1970 Ủy ban hành chính tỉnh Vĩnh Phú ra quyết định số 335/QĐ/TCCB  đề bạt ông Ngô Hợi - Dược sĩ cao cấp (DSĐH) làm Trạm trưởng Trạm kiểm nghiệm Dược phẩm Vĩnh Phú.

          Ngày 02/4/1975 Ủy ban hành chính tỉnh Vĩnh Phú ra quyết định số 286/QĐ/TCCB  đề bạt Dược sỹ Ngô Hợi - Trạm trưởng Trạm kiểm nghiệm Dược phẩm Vĩnh Phú giữ chức vụ Phó ty Y tế Vĩnh Phú. Tháng 5/1975 Dược sĩ Ngô Hợi bàn giao cho DSĐH Nguyễn Thị Hà Thanh làm Trạm trưởng Trạm kiểm nghiệm Dược phẩm Vĩnh Phú.

          Tháng 12/1978 Trạm trưởng Nguyễn Thị Hà Thanh chuyển công tác về Hà Nội, bàn giao cho Dược sĩ Đinh Văn Đạt Trạm phó Trạm kiểm nghiệm Dược phẩm Vĩnh Phú phụ trách điều hành hoạt động của trạm. Ngày 07/9/1979 Sở Y tế Vĩnh Phú ra quyết định số 21/YT-TCCB bổ nhiệm Dược sĩ Đinh văn Đạt làm Trạm trưởng Trạm kiểm nghiệm Dược phẩm Vĩnh Phú. Cuối năm 1979 trạm chuyển địa điểm làm việc về Việt trì.

          Ngày 29/9/1995 UBND tỉnh Vĩnh Phú ra Quyết định số 1839/QĐ-UB đổi tên Trạm kiểm nghiệm Dược phẩm Vĩnh Phú thành Trung tâm kiểm nghiệm Dược phẩm Vĩnh Phú. Năm 1996 Sở Y tế giao chỉ tiêu biên chế cho trung tâm là 15 người, triển khai thêm phòng kiểm nghiệm Đông dược.

          Tháng 1/1997 tỉnh Vĩnh Phúc được tái lập, ngày 24/01/1997 UBND tỉnh Vĩnh Phúc ra quyết định số 84/QĐ-UB thành lập Trung tâm Kiểm định Dược phẩm, Mỹ phẩm và Thiết bị Y tế Vĩnh Phúc. Sở Y tế giao cho DSCKI Dương Thị Hồng phụ trách và sau đó làm Giám đốc trung tâm.

          Khi mới thành lập trung tâm có 03 cán bộ gồm: 01 DSCKI phụ trách , 01 DSĐH mới hết tập sự , 01 DSTH chưa hết tập sự, sau đó trung tâm nhận thêm một số cán bộ là DSTH từ nơi khác chuyển đến. Vì vậy đến cuối năm 1997 trung tâm mới tạm thời ổn định về mặt tổ chức gồm: Ban giám đốc, phòng hành chính tổng hợp và phòng nghiệp vụ chuyên môn.

          Những năm đầu trung tâm không có trụ sở làm việc, trung tâm phải ở nhờ 4 phòng và mượn đất xây 3 gian nhà cấp 4 của công ty Dược Vĩnh Phúc.

Năm 1999 Dự án xây dựng trụ sở làm việc của trung tâm được phê duyệt trên mặt bằng 2150m2  đất tại 37 Chu Văn An - Phường Liên Bảo – TX Vĩnh Yên - Tỉnh Vĩnh Phúc. Năm 2001 bắt đầu xây dựng đến tháng 12/2002 đưa vào sử dụng với tổng diện tích xây dựng 1007m2 nhà cấp 3 và 150m2 nhà cấp 4.

          Năm 2002 trung tâm có 12 cán bộ và 3 phòng chức năng (Phòng Hoá lý, Phòng Mỹ phẩm, Phòng Hành chính quản trị).

Ngày đầu mới thành lập chỉ có: 01 tủ lạnh (đã thay lốc), 01 tủ ấm Trung quốc (sản xuất năm 1968), 01 tủ sấy Trung quốc (sản xuất năm 1967), một số dụng cụ thuỷ tinh và hoá chất xét nghiệm. Cuối năm 1997 sở y tế trang bị cho trung tâm: 1 máy quang phổ tử ngoại khả kiến (UV- ViS), 1 máy chuẩn độ điện thế. Viện kiểm nghiệm thuốc TW trang bị cho trung tâm 01 cân phân tích điện tử. Năm 2002 có thêm 01 máy đo PH, 01 máy cất nước, 01 nồi hấp, 01 lò nung, 01 tủ sấy( Đức), 01 máy lắc siêu âm, khúc xạ kế cầm tay, tủ hốt, tủ lạnh, kính hiển vi, máy hút ẩm, điều hoà nhiệt độ, máy vi tính, máy in.

Năm 2010 - 2011 nâng cấp và mở rộng phòng thí nghiệm lên tổng diện tích sàn 2000m2, xây dựng hệ thống phòng sạch vi sinh đạt tiêu chuẩn.

Đến nay trung tâm đã được trang bị nhiều máy móc hiện đại: 2 máy chuẩn độ điện thế, 2 máy thử độ hoà tan, 2 máy quang phổ tử ngoại khả kiến(UV-ViS), 2 máy sắc ký lỏng hiệu năng cao(HPLC), 1 máy sắc ký lỏng khối phổ (LC/MS), 2 máy sắc ký khí (GC), 3 máy quang phổ hấp thụ nguyên tử (AAS), hệ thống sắc ký lớp mỏng bán tự động (TLC)... hệ thống sử lý chất thải khí, hệ thống sử lý chất thải lỏng.

Trung tâm được công nhận đạt tiêu chuẩn “Thực hành tốt phòng kiểm nghiệm thuốc – GLP” và được công nhận đạt “Yêu cầu chung về năng lực của phòng thử nghiệm và hiệu chuẩn – ISO/IEC 17025” năm 2013; được chỉ định cơ sở kiểm nghiệm thực phẩm phục vụ quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm tháng 3/2019.

Tháng 9/2015 DSCKI Dương Thị Hồng Giám đốc trung tâm nghỉ hưu theo chế độ. Ngày 25/8/2015 Sở Y tế Vĩnh Phúc ra quyết định số 1356/QĐ-SYT bổ nhiệm DSCKII Nguyễn Văn Long giữ chức vụ Giám đốc Trung tâm kiểm nghiệm tỉnh Vĩnh Phúc.

Năm 2019 trung tâm được giao 26 chỉ tiêu biên chế, đổi tên thành Trung tâm kiểm nghiệm thuốc, mỹ phẩm, thực phẩm tỉnh Vĩnh Phúc có 4 phòng: Phòng Hành chính tổng hợp; phòng kiểm nghiệm thuốc; phòng kiểm nghiệm mỹ phẩm - thực phẩm; phòng dược lý - vi sinh.

Từ khi thành lập đến nay, hàng năm trung tâm luôn đạt tổ đội lao động XHCN, đơn vị hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ, được tặng thưởng nhiều giấy khen, bằng khen, cờ đơn vị thi đua xuất sắc, năm 2014 trung tâm vinh dự được chủ tịch nước tặng thưởng Huân chương lao động hạng 3.